Podczas tego soboru wprowadzono zmiany:
-postanowiono tworzyć seminaria duchowne (pierwsze powstało w diecezji mediolańskiej, założył je Karol Boromeusz);
-rozpoczęto zwyczaj dotyczący wizytacji biskupów w diecezjach;
-wprowadzono zasady o klauzurze zakonnej;
Dodatkowo w 1542 roku papież Paweł III zreorganizował Inkwizycję. Powołał Kongregację Kardynalską Świętej Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji, tzw. Święte Oficjum (Sacrum Officium), które składało się z 6 kardynałów i miało nadzorować działalność sądów inkwizycyjnych w walce z reformacją.
